Metsäkoto Oy on perustettu vuonna 2008. Tällöin avattiin ensimmäinen lastensuojelulaitos, 7-paikkainen Metsäkoto, joka oli tarkoitettu 0-17 vuotiaille lapsille.
2010 toiminta laajeni ja haastavasti käyttäytyville 10-17 -vuotiaille lapsille avattiin 7-paikkainen yksikkö Rinnekoto Porin Lassilaan.
Metsäkodon toimintaa organisoitiin uudelleen ja vuonna 2014 tiloihin avattiin avopalveluita tarjoava Perhetukikeskus Metsäkoto. Perhetukikeskuksen toimintaa kehitetään edelleen ja nykyisin toiminta kulkee nimellä Porukat.fi.
Vuosina 2017-2019 Niittykoto toimi yksikkönä oleskeluluvan saaneille pakolaislapsille. Keväällä 2018 avattiin uusi lastensuojeluyksikkö Kangaskoto Kankaanpäähän ja alkuvuodesta 2019 Metsäkodon nimikkoyksikkö sai uudet asukkaat, kun tiloihin muuttivat ammatillisen perhekodin vanhemmat.